自第四任大汗蒙哥后，雄霸亚欧大陆的蒙古帝国实际上就解体了，钦察汗国、伊利汗国、察合台汗国、窝阔台汗国等四大汗国就不再听从号令，虽然元朝皇帝仍兼任蒙古大汗，并拥有蒙古本部。
自成吉思汗（年至年，年至年在位）统一蒙古起，短短数十年间蒙古帝国就雄霸欧亚大陆，但自第四任大汗蒙哥（年至年，年至年在位）后蒙古帝国就名存实亡。
自元太祖忽必烈（年至年，年至年在位）以下的元朝皇帝，虽仍兼任蒙古大汗并拥有蒙古本部，但其统治重心已经转移到了中原地区，金帐、伊利、察合台、窝阔台等四大汗国也不再听从号令，与中国历史上的中原王朝已经没有什么两样。
年元朝为明朝所灭后，最后一位皇帝元惠宗妥懽帖睦尔（年至年）逃往蒙古地区建立北元，仍以北元皇帝身份兼任蒙古大汗苟延残喘，但很快就被在与忽必烈的汗位争夺中失败的幼弟阿里不哥后裔也速迭儿于年袭杀篡位。
北元的灭亡，*金家族-忽必烈家族失去了在蒙古人中至高无上的地位，大多数蒙古部落脱离*金家族独立。正可谓“秦失其鹿，天下共逐之”，蒙古各部又回到了争夺蒙古大汗宝座的混战中。
明朝时期，蒙古大体上可以分为三大部落——兀良哈、鞑靼、瓦剌。兀良哈又称兀良哈三卫、朵颜三卫，即明朝册封的泰宁卫、福余卫、朵颜卫，原生活于大兴安岭以东，15世纪中期内迁至明朝北部边境大同、宁远、铁岭一线，后逐渐被鞑靼吸收消失于历史中。
鞑靼也称蒙古本部、东部蒙古，年鞑靼部首领*力赤杀蒙古大汗坤帖木儿自立，由此明朝认为蒙古已灭，改以鞑靼称蒙古本部。瓦剌即西部蒙古，在清代又被成为卡尔梅克人、卫拉特蒙古、厄鲁特蒙古，原生活于今俄罗斯叶尼塞河上游，属于蒙古人两大来源——“草原百姓”、“林中百姓”——中的“林中百姓”，实际上与蒙古本部的“草原百姓”差别很大，属于当匈奴人强大时草原上的民族都是匈奴人、当蒙古人强大时草原上的民族都是蒙古人，通过与*金家族的世代通婚成为蒙古人中重要的一部分。15世纪初，当蒙古本部陷入纷争、汗位旁落时，首先起来争夺的就是瓦剌。
年，瓦剌首领脱欢趁鞑靼首领阿鲁台被明朝击败之际，于今克鲁伦河大败阿鲁台，一统瓦剌各部。年，脱欢再次击败阿鲁台，尽收其部众，一统东西蒙古。脱欢原本想自立为蒙古大汗，但因其不是*金家族后裔，遭到部下的强烈反对，只得拥立元朝后裔脱脱不花，自己出任太师实际执掌*权。年脱欢病逝后，其子也先继位，瓦剌达致全盛时期，曾多次进攻明朝酿成“土木堡之变”。
年脱脱不花死后，也先自称“天圣大可汗”，成为第二十八任蒙古大汗，但也其非*金家族出身遭到非议。两年后，也先被部下暗杀，瓦剌由此衰落，后分裂为也先长子博罗纳哈勒统领的杜尔伯特部和次子阿失帖木儿统领的准噶尔部，即清朝漠西蒙古的杜尔伯特部与准噶尔部，两部均以“绰罗斯”为姓。
蒙古察哈尔部最后一任蒙古大汗林丹汗虽锐意进取，矢志恢复蒙古大汗的权威，无奈遭遇满清的崛起，终在满清的*事打击下客死青海，其子额哲及妻子苏泰太后奉传国玺降清，漠南蒙古奉满清可汗皇太极为可汗，自此蒙古大汗由满清皇帝兼任，蒙古实质上灭亡了。
继脱欢、也先之后，成吉思汗第十五世孙达延汗（年至年，年至年在位）于16世纪初统一漠南蒙古，重建了蒙古大汗的权威。然而，与也先一样，在达延汗去世后，所谓的权威也就雨打风吹去。不过，达延汗的后裔们奠定了清代漠北、漠南蒙古各部的基础。
达延汗晚年将察哈尔（今河北张家口一带）和乌梁海（今河北承德和辽宁西部）封给长子图鲁博罗特，即蒙古察哈尔部始祖；漠南河套（今内蒙古呼和浩特和包头一带）封给次子巴尔斯博罗特，即蒙古土默特部始祖；今宁夏、内蒙古巴彦淖尔盟和伊克昭盟一带封给三子阿尔苏博罗特，即蒙古多伦土默特部始祖。又将漠北、漠南原先各自独立的各领地整合为6个万户，分为左右两翼。
喀尔喀属于左翼分为12部，内5部居住于喀尔喀河即今蒙古国哈拉哈河以东，将之分封予第五子阿尔楚博罗特；外7部位于河西，分封给小儿子格哷森札札赉尔。达延汗死后，内5部向南迁徙，在清朝成为内蒙古的一部分；外7部则留漠北地区，后发展为土谢图汗部、车臣汗部、札萨克图汗部、赛音诺颜部等四部，即清朝的外藩蒙古、喀尔喀蒙古、漠北蒙古。
年达延汗去世后，次子巴尔斯博罗特继任蒙古大汗，但仅在位两年就被迫退位，由自兄长图鲁博罗特之子博迪（年至年，年至年在位）继任，蒙古汗位由此落入察哈尔部手中直至被清朝征服。
巴尔斯博罗特虽只当了两年大汗，他的儿子俺答汗却通过东征西讨控制了鞑靼大部分地区，将察哈尔部驱逐到辽东、瓦剌驱逐到科布多、征服了青海，修筑了归化城即今呼和浩特，用武力迫使明朝同意开放互市，并独尊藏传佛教格鲁派。格鲁派首领三世达赖喇嘛索南嘉措为俺答汗上尊号“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”，承认他为成吉思汗的化身，为全蒙古的大汗。
俺答汗之后，蒙古又陷入了混乱之中，大汗再次成为各部名义上的领袖。察哈尔部第四任可汗布延（年至年，年至年在位）甚至拿出了元朝的传国玺，以证明自己是蒙古的最高统治者，各部一笑了之并不在意。
布延之孙林丹汗（年至年，年至年在位）继任大汗之后，矢志中兴蒙古，无奈遭遇满清的崛起，被满清击败后不得不西迁，最后死在了青海。
年，林丹汗之子额哲与母亲苏泰太后奉传国玺降清，漠南蒙古各部向满清大汗皇太极上尊号“博格达彻辰汗”，蒙古大汗之位至此由清朝皇帝兼任，蒙古帝国传承由此断绝，实质上灭亡了。
此后，清朝又先后征服漠北蒙古、漠西蒙古，在漠南蒙古设置察哈尔都统、热河都统、绥远城将*，在漠北蒙古设置乌里雅苏台将*、库伦办事大臣、科布多参赞大臣、阿尔泰办事大臣，在漠西蒙古设置伊犁将*、西宁办事大臣，管辖蒙古各部。
漠北蒙古宗教领袖哲布尊丹巴呼图克原本在当地蒙古贵族间传承，为防止当地蒙古贵族与宗教领袖勾结，清朝特地规定哲布尊丹巴呼图克转世灵童必须在四川藏区的理塘寻找，在北京雍和宫经金瓶挚签产生。
正是由于这一规定，年九世哲布尊丹巴呼图克去世后，十四世达赖喇嘛虽宣称十世哲布尊丹巴已转生在蒙古，但哲布尊丹巴呼图克图之位至今仍空缺。
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