根据循证医学，对三氧治疗敏感的疾病可以分为三类。证据质量评估依据证据来源类型（来自随机临床试验的meta分析和系统评价）以及其他因素，包括统计真实性、临床相关性、费用、同行评价认可。美国预防服务工作组和牛津循证医学中心负责证据等级的制定。三氧疗法的证据所选择的级别为：
A级良好的科学证据表明，三氧的临床益处大大超过潜在的风险。
B级至少公平的科学证据表明，三氧的临床益处大于潜在的风险。
C级至少有公平的科学证据表明，三氧能够提供的临床益处，但利益和风险不相上下。
更适宜用三氧疗法治疗的病症
A级证据相关疾病
脊柱疾病（椎间盘突出、椎体滑脱及其他，等等）。
详见:《马德里宣言》三氧在非风湿性运动系统病变中的作用。
B级证据相关疾病
矫正外科疾病与局部骨关节炎。
骨骼肌软组织的疼痛
矫正外科疾病与局部骨关节炎。
髌骨软化症、关节病
肌腱病（网球肘、髌腱炎、膝关节疼痛和肩袖旋转性肌腱炎）
桡骨茎突狭窄性腱鞘炎
腕管症候群
糖尿病和糖尿病足
慢性疲劳综合症和纤维肌痛
突发性感觉神经性听力损失
梅尼尔氏综合征
缺血性疾病晚期;下肢动脉缺血
年龄相关性*斑变性（萎缩型）。
龋齿病变
骨髓炎、胸膜肺气肿、瘘管脓肿、伤口感染、褥疮、慢性溃疡、糖尿病足、烧伤。
病*、细菌、真菌引起的感染性疾病
特别是耐抗生素细菌引起的疾病或接受化学治疗者，如肝炎、艾滋病、疱疹和带状疱疹感染、乳头状瘤病*感染、甲癣和念珠菌病、贾第虫病和隐孢子虫病；Bartolinitis（巴氏）和阴道念珠菌病；脚气；甲癣。
尽管三氧疗法是治疗这些疾病的一个有用的支持，值得强调的是，无论是三氧和它的代谢产物，包括H2O2，均不能达到杀菌剂的组织浓度，因为这些游离的病原体受到血浆抗氧化剂保护，而细胞内的病*更是难以实现的。
支持这些应用的文献在ISCO3三氧治疗国际图书馆可得到。
C级证据相关疾病
根据初步临床报告，对于这些疾病，无论是作为唯一的治疗形式还是作为特定治疗的辅助疗法，基于临床病例，三氧疗法都具有较高的治疗成功率。
这些疾病包括：
癌症相关性疲劳
三氧治疗联合传统治疗可能促进和改善症状。然而，迄今未有证据显示三氧治疗对癌症有治疗效果。对于所有这些疾病，三氧治疗应与常规治疗相结合，其有效性的证据已证实，但需要更精确的研究。
哮喘
在下面的传统疗法和三氧疗法相结合案例中，至少有理论上表明可能是有益的，但没有真正意义上的临床证据。实例证据表明存在治疗效果，但在许多情况下，疗效是通过使用不同类型的治疗方法达到的，因此结果是不可靠的。一些研究对三氧治疗与另一种治疗相结合的治疗进行了评估，得出的结论是，三氧治疗是作为补充治疗的角色。
自身免疫性疾病
多发性硬化症、类风湿性关节炎、克隆病、慢性炎症性肠病。
肺部疾病
肺气肿，慢性阻塞性肺疾病，特发性肺纤维化和急性呼吸窘迫综合征。
皮肤病
银屑病、湿疹和特应性皮炎。
脓*症
严重脓*症和多器官功能障碍、坏死性筋膜炎、腹膜炎、烧伤、上颌窦感染、化脓性中耳炎、扁桃体炎、额窦炎、膀胱炎。
呼吸系统疾病
肺结核、支气管炎、呼吸衰竭、鼻窦炎、胸膜肺气肿。
胃肠疾病
胆石症、消化性溃疡、消化道出血。
眼科
干眼综合征、糖尿病视网膜病变、眼内炎、脉络膜疾病、年龄相关性*斑变性、视网膜色素变性、慢性青光眼。
疼痛纤维肌痛、跖痛症、偏头痛。
血管疾病：缺血性心脏病。
癌转移（如作为辅助治疗或减少化疗或放疗的副作用）：难治性出血性放射性直肠炎；前列腺增生症。
雷诺氏综合征
慢性肾功能衰竭
肝病：甲肝、乙肝、丙肝
血管性纤维化性脑膜炎
老年性痴呆、阿尔茨海默病
支持这些应用的文献可以在ISCO3三氧治疗国际图书馆查询到。
三氧治疗的一般基础
三氧治疗应始终采用渐进式方式，从低剂量开始，并逐渐增加，直到调节允许剂量调整到氧化应激临床诊方法可用水平，以避免不必要的风险。
对患者的氧化应激状态进行测量和分类是可能的。不建议采用只有一个变量的抗氧化／促氧化系统（如总抗氧化活性的指标）。推荐测量生物分子损伤的标志物（如丙二醛，蛋白质氧化的高级产物等）、酶的活性（如过氧化氢酶、超氧化物歧化酶、谷胱甘肽过氧化物酶）、抗氧化剂（如谷胱甘肽）和总抗氧化活性的指标。不幸的是，用于测量氧化应激可靠的方法或设备尚不可用。在这方面的研究正在进行中。
如果氧化还原平衡不为人所知（抗氧化剂/氧化剂平衡），并且病人处于氧化应激状态中，初始的中剂量或高剂量可能会损害细胞的抗氧化机制，从而加重临床症状。因此，最好是低剂量开始，并根据病人的反应增加。这是一般惯例规则。
然而，医生应该考虑到患者的营养状况（通过既往病历和人体测量指标评估），这是非常重要的。食物是外源性抗氧化剂的来源，并且在三氧的临床反应中至关重要。根据患者的初始临床状态，决定其是否符合接受三氧治疗的条件。在某些情况下，进行三氧治疗之前，首先要改善患者的营养状况。
与任何医学治疗一样，患者可分为三种类型：正常反应者、过度反应者和低反应者。
有一些不能控制的因素，这取决于患者的特质和疾病自身的表现特点。
三氧治疗规范化操作
三氧治疗是一种医学行为，应该由医生实施，并用科学严谨的方法操作。虽然频率很低但是它有可能产生微小副作用。因此，我们认为，三氧治疗的规范化操作应包括以下要求，如果某些方面三氧治疗师没有做到，那么应该遵循这些要求：
1.拥有一名具有三氧治疗培训经验并获得认可的合格医生，同时负责治疗管理。
2.能够合理地使用设备制备和应用三氧进行治疗。在欧洲共同体国家的设备应有CE标记。产生三氧的设备必须根据制造商的建议定期进行校准或维护，以避免应用或浓度不正确。
3.在三氧的开放应用过程（套袋、阴道应用等）中应佩戴碳口罩，用于个人防护。
4.根据所选择的给药途径，实施各种适当的方案，以保证治疗质量。
5.负责实施三氧治疗的医生和接受治疗的患者共同签署知情同意书，并在患者的临床病史中留下一份副本。
6.三氧治疗室应该有相应的的换气和通风系统。
7.备有急救药品、通气风换气设备或辅助气囊。
8.考虑到椎间盘内三氧应用应在手术室内进行，在住院部或在门诊部X线透视下进行大手术。
9.治疗成功的关键取决于多种可控因素，包括由三氧治疗师的科学准备和技术、所采用的方法、三氧的质量、良好临床实践应用。不可控因素取决于患者特质和当前疾病的状态。
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